广深港客运专线跨越大岭山森林境内全长10900米，其中在公园的核心区长度为5968.4米，主要工程包括四座隧道、三座桥梁、三段路基、三座涵洞，隧道部分长4368.5米，桥梁和路基部分长1599.9米。施工需修建施工便道7条、总长度2740米，布置临时设施7处、预计需占地约65.4亩，沿线需设弃碴场、弃碴，预计需占地148亩。施工最高峰，进场施工人员将达到1500人左右，机械达到几百台。

　　 广深港客运专线的施工与运营将不可避免地对森林公园的生态、安全、环境造成负面影响，为了将这种负面影响降低到最低程度，2006年11月30日上午，广深港铁路施工与大岭山森林公园生态环境保护协调会在大岭山森林公园召开。会议由市林业局罗松茂局长主持，市国土局、建设局、城建规划局、林业局的有关负责同志，大岭山森林公园管理处、大岭山林场的负责同志，以及广深港客运专线的建设单位——中铁十七局集团有限公司的有关负责同志参加了会议。会议主要就广深港客运专线过程中如何最大程度地保护好大岭山森林公园的生态环境问题进行了协商。经与会人员充分磋商，形成以下共识：

　　 一、 建设方、施工方及林业局、大岭山森林公园和市有关部门要切实加强研讨、加强合作、加强沟通，共同努力，将因施工而对森林公园造成的生态破坏降低到最低程度，确保游客安全。市林业局、大岭山林场和大岭山森林公园管理处成立生态保护监督小组，对施工进行全线、全程监督。广深港客运专线的建设单位和施工单位成立生态保护协调小组，按监督小组的要求，要求各标段、各施工队做好生态保护工作。
　　二、切实落实措施保障按规定施工、文明施工，切实保护好森林资源。施工单位在施工过程应遵循以下原则：

1、少砍树的原则。所有的森林采伐均要经过森林公园管理处踏查和林业局批准，珍稀植物要做好迁移方案。跨越鸡公仔水蓊湿地的莲花山大桥要变更设计，将现在柱与柱之间的30米间距适当扩大，尽量少破坏水蓊湿地和保护森林景观。

2、少推土的原则。施工便道应尽量选择原有的林区道路（非水泥路），弃碴场和工场应尽量选择林区比较隐蔽的位置，尽量少影响森林景观。施工产生的余泥、废碴要全部倒入弃碴场，严禁随地堆放。

3、慎用火的原则。严禁施工人员带火种上山，严格管理施工设备和施工用电，严禁林区内生活用火。
4、严管人的原则。加强施工人员的安全教育和生态保护教育。所有进场施工人员均要登记造册，并向大岭山森林公园管理处备案。绝大部分施工人员不能在林区住宿。加强施工人员的卫生管理，施工方要设置临时厕所，排泄物要运出公园，不能在公园就地处理。

　　 三、切实采取措施保护森林公园的园区道路。施工单位要按城市道路运输的要求制订严格的运输方案。在物料和余泥、废碴运输过程中，要杜绝抛洒和泄露，要按路面设计的负荷，妥善安排运输车辆，超过路面设计负荷的车辆不得在公园内行驶。
四、切实采取措施预防地质灾害，对损坏山体及时复绿。挖方和填方要采取对山体破坏最小的方案。加强弃碴场的设计，要在构筑好坚固的挡土墙和完善的排水系统的前提下，弃碴场才能投入使用。

　　 五、切实完善监督机制，真正履行好监督责任。
主要建立“四项制度四个管制”。
四项制度是：一是指协调制度，由林业局和森林公园管理处、业主（广深港客运专线有限公司）、施工方（中铁十七局）的有关负责人每星期召开两次协调会；二是责任人制度，施工方对森林公园的生态保护、森林防火、卫生保洁均要设一名责任人；三是奖罚制度，施工方要就生态和环境保护制定奖罚制度，严格管理施工人员；四是押金制度，对使用园区道路运输，施工便道、临时工场、弃碴场复绿，珍稀植物迁移等要按价收取押金，达不到要求的，不退回押金。

　　四项管制是：一是交通速度管制，车辆要严格按森林公园设计的限速行驶；二是运输负荷管制，超过道路设计负荷的车辆不得在公园道路行驶；三是火种管制；四是地段管制，所有车辆和人员只能在限定的范围内进行作业。